En 2013, y después de 23 años de ausencia, Honda volvió, oficialmente, al rally Dakar. Lo hizo con un equipo de tres pilotos, Hélder Rodrigues, Javier Pizzolito y el Johnny Campbell, y con una primera versión de la Honda CRF450 RALLY que, año tras año, fue evolucionando de forma lineal hasta conseguir una moto, entre otras cualidades, potente y fiable. Tras finalizar los tres pilotos, el portugués Rodrigues, terminó en una meritoria séptima posición.
En 2014, con Joan Barreda, Paulo Gonçalves, Rodrigues, Pizzolito y Sam Sunderland, el equipo pudo demostrar su potencial, ganando diferentes etapas y colocándose en posiciones para optar a la victoria final. Sin embargo, Rodrigues volvió a ser el mejor piloto del equipo: 5º.
En 2015 se unieron al team Laia Sanz y Jeremías Israel, quienes junto a Barreda, Gonçalves y Rodrigues consiguieron protagonizar varios momentos de la carrera. Laia consiguió el mejor resultado de una piloto femenina en el Dakar: novena posición. Barreda estaba para pelear por la victoria, pero fue una de las víctimas del Salar de Uyuni. Finalmente, Gonçalves logró el primer podio de esta nueva etapa al finalizar segundo.
La formación de 2016 incorporó a Ricky Brabec y también al francés Michael Metge y al italiano Paolo Ceci. Junto a Barreda y Gonçalves, construyeron un equipo homogéneo que también destacó en varias etapas, aunque fue Kevin Benavides, apoyado por Honda, el mejor piloto de la marca con el cuarto puesto final.
En 2017 se modificó ligeramente la estructura añadiendo Kevin a un equipo sólido (Barreda, Gonçalves, Metge, Brabec), aunque finalmente el piloto de Salta se perdería la cita por una inoportuna lesión a un mes de arrancar el rally. El piloto de motos en activo que más victorias acumula, Barreda, logró finalizar en quinto lugar.
En el Dakar 2018 se bajó Gonçalves en el último momento y entró el joven José Ignacio Cornejo, que causó una grata impresión, llegando a formar parte del equipo oficial HRC pocas semanas después. En este año, Benavides se desquitó de la ausencia de la edición anterior terminando en una brillante segunda posición.
En 2019, el último Dakar en Sudamérica, con Benavides, Brabec, Barreda, Gonçalves y Cornejo, el Monster Energy Honda Team fue protagonista, liderando la carrera en varias jornadas. Finalmente, fue el argentino Benavides, el que mejor clasificó (5º).
Llegó 2020, llegó el tercer capítulo en la historia del Dakar, mudándose de Sudamérica a Medio Oriente y llegó la victoria de Honda en el Dakar. El equipo formado por Benavides, Barreda, Cornejo, Aaron Maré y Brabec vio como el estadounidense se destacaba de todos en la tercera jornada y, sin abandonar la primera posición, acabó levantando el buscado tuareg de bronce del vencedor del rally Dakar. Fue hace un mes, el día 17 de enero de 2020, en Qiddiyah, Arabia Saudita…
